La molécule d'indigo est composé de 16 atomes de carbone, 10 atomes d'hydrogène, 2 atomes d'azote et 2 atomes d'oxygène (donc sa formule est [tex]C_{16} [/tex][tex]H_{10} [/tex][tex]N_{2} [/tex][tex]O_{2} [/tex])
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