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Une hypothèse pour expliquer comment un gène peut déterminer plusieurs versions d'un même caractère est que le gène en question peut avoir des allèles multiples. Ces allèles différents peuvent résulter de variations dans la séquence d'ADN, telles que des substitutions, des insertions ou des délétions. Chaque allèle peut coder pour une variation spécifique du caractère en influençant la production de protéines ou d'ARN, qui à leur tour régulent les processus biologiques conduisant à l'expression du caractère. Ainsi, la combinaison des différents allèles d'un gène peut conduire à une diversité de phénotypes pour un même caractère.
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